北京大学全宗主要是1898年京师大学堂成立以来的档案，截止至1997年底档案总卷数为46887卷。分为三个时期：清末京师大学堂时期（1898—1911）、中华民国时期的北京大学（1912—1937、1946—1949）、中华人民共和国成立后的北京大学（1949—至今）。京师大学堂时期档案主要内容有：大学堂与各省、各衙门、内务府、户部等关于大学堂章程、考学、接收房屋、开办经费等方面的来往咨文。国立北京大学时期档案包括：评议会议事录、人事任命材料、招考简章、课程指导书、学生社团相关档案、教职工薪金册、学生名册、成绩单等。新中国成立后北京大学档案包括：党务工作方面的材料，如党委会、常委会会议记录、党员名册等；校行政方面的材料，如校务会议记录、校长办公会会议记录、学校机构设置等；学校各项工作的计划与总结，请示与批复，规章制度及统计材料等；教学管理与教学实践方面的材料，如教学计划、教学大纲、课程设置等；校园建设方面的材料，如校园规划、基建项目等；外事合作交流方面的材料，如学生出国留学、教师出国讲学、访问等材料；上级部门关于党务及教学、科研、基建等各方面的指示、规定、通知等文件。学生的学籍档案包括学籍表、成绩单、授予学位的审批材料，留学生的学籍档案等。科学研究与科研管理工作方面的档案包括科研项目及其获奖材料、开发项目的协议书、合同书及专利材料等。财务方面的档案有预算、决算、账簿、会计凭证等。出版方面的档案，如约稿、审稿单、样书、期刊等。声像方面的档案，如京师大学堂时期的照片、教职工照片、学生毕业合影及“五·四”运动、“一二·九”运动照片。实物档案包括章士钊、冯友兰、季羡林等人物题词；“再道一声‘小平您好’”横幅等，以及新中国成立后北京大学校园建设方面的基建图纸档案。